...

четверг, 25 июля 2013 г.

[recovery mode] О молекулах РНК

О рибонуклеиновых кислотах (РНК)


Для поддержания жизни в живом организме происходит множество процессов. Некоторые из них мы можем наблюдать — дыхание, прием пищи, избавление от продуктов жизнедеятельности, получение информации органами чувств и забывание этой информации. Но большая часть химических процессов скрыта от глаз.

image



Справка. Классификация



По-научному, обмен веществ это метаболизм.



Метаболизм обычно делят на две стадии:

в ходе катаболизма сложные органические молекулы распадаются на более простые, с получением энергии; (энергия тратится)

в процессах анаболизма затрачивается энергия на синтез из простых молекул сложных биомолекул. (энергия запасается)
Биомолекулы, как видно выше, делятся на малые молекулы и большие.



Малые:

Липиды (жиры), фосфолипиды, гликолипиды, стеролы, глицеролипиды,

Витамины

Гормоны, нейромедиаторы

Метаболиты

Большие:

Мономеры, олигомеры и полимеры.
Мономеры Олигомеры Биополимеры



Аминокислоты Олигопептиды Полипептиды, белки

Моносахариды Олигосахариды Полисахариды (крахмал, целлюлоза)

Нуклеотиды Олигонуклеотиды Полинуклеотиды, (ДНК, РНК)

В столбце биополимеры находятся полинуклеотиды. Именно здесь находится рибонуклеиновая кислота — объект статьи.


Рибонуклеиновые кислоты. Строение, назначение.



image

На рисунке показана молекула РНК.

Нуклеиновые кислоты ДНК и РНК присутствуют в клетках всех живых организмов и выполняют функции по хранению, передаче и реализации наследственной информации.
Сходство и отличие РНК и ДНК



Как видно, есть внешнее сходство с известной структурой молекулы ДНК (дезоксирибонуклеиновой кислотой).

Однако, РНК может иметь как двухцепочечную структуру, так и одноцепочечную.

Нуклеотиды (пяти- и шестиугольники на рисунке)

Кроме того, нить РНК состоит из четырех нуклеотидов (или азотистых оснований, что одно и то же): аденин, урацил, гуанин и цитозин.

Нить ДНК же состоит из другого набора нуклеотидов: аденин, гуанин, тимин и цитозин.

Химическое строение полинуклеотида РНК:

image

Как видим, имеются характерные нуклеотиды урацил (для РНК) и тимин (для ДНК).

Все 5 нуклеотидов на рисунке:

image

Шестиугольники на рисунках — это бензольные кольца, в которые, вместо углерода, встраиваются другие элементы, в данном случае, это азот.
Бензол. Для справки.



Химическая формула бензола — C6H6. Т.е. в каждом угле шестиугольника находится атом углерода. 3 дополнительные внутренние линии в шестиугольнике указывают на наличие двойных ковалентных связей между этими атомами углерода. Углерод — элемент 4 группы периодической таблицы Менделеева, следовательно, у него 4 электрона могут образовать ковалентную связь. На рисунке — одна связь — с электроном водорода, вторая — с электроном углерода слева и еще 2 — с 2 электронами углерода справа. Впрочем, физически существует единое электронное облако, охватывающее все 6 атомов углерода бензола.

image
Соединение азотистых оснований



Комплементарные нуклеотиды друг с другом сцепляются (гибридизуются) с помощью водородных связей. Аденин комплементарен урацилу, а гуанин — цитозину. Чем длиннее на данной РНК комплементарные участки, тем прочнее будет образуемая ими структура; наоборот, короткие участки будут нестабильными. Это определяет функцию конкретной РНК.

На рисунке фрагмент комплементарного участка РНК. Азотистые основания закрашены синим цветом

image
Структура РНК



Сцепление многих групп нуклеотидов образуют РНК-шпильки (первичная структура):

image

Множество шпилек в ленте сцепляются в двойную спираль. В развернутом виде такая структура напоминают дерево (Вторичная структура):

image

Спирали так же взаимодействуют друг с другом (третичная структура). Видно, как разные спирали соединены друг с другом:

image

Другие РНК сворачиваются аналогично. Напоминает набор лент (четвертичная структура).

image
Заключение



Для вычисления конформаций, которые примут РНК, по их первичной последовательности существуют программы

Есть множество задач, находящихся в процессе решения. Например явление РНК-интерференции, теломеразный РНК-компонент

Возможно, кто-то из вас, участники хабра, поучаствует в одном из этих проектов))

This entry passed through the Full-Text RSS service — if this is your content and you're reading it on someone else's site, please read the FAQ at fivefilters.org/content-only/faq.php#publishers. Five Filters recommends: 'You Say What You Like, Because They Like What You Say' - http://www.medialens.org/index.php/alerts/alert-archive/alerts-2013/731-you-say-what-you-like-because-they-like-what-you-say.html


Комментариев нет:

Отправить комментарий