...

понедельник, 30 марта 2020 г.

Сценарии заражения в конкретных городах на основе датасета передвижения людей по России


Статистика для Москвы в сценарии «люди стараются сидеть по домам, нет авиасообщения» — к ноябрю модель показывает 5 миллионов переболевших. Это ограниченный прогноз на основе неполных данных, ниже будут детали. За ноль принято 22 марта.

В мире было создано несколько моделей распространения инфекции, но ни одна не подходила нормально для России, либо опиралась на плотность населения без правильного графа перемещений людей. Почему? Потому что либо он получается так сложно, что вы окосеете его согласовывать, либо его ни у кого в одном месте этого датасета просто нет.

Кроме нас.

Туту.ру с радостью делится данными с журналистами уже 16 лет (огромная часть новостей в духе «Заметен аномальный спрос на Анталию» — это нарезка наших информационных витрин). Но мы исторически никогда не раскрывали сами данные по перемещениям людей целыми блоками.

Мы собрали датасет передвижений людей по России за апрель 2019 и передали его в сообщество Open Data Science. Если вы их не знаете — это объединение преимущественно русских дата-сайнтистов (но со всего мира), которое перерабатывает открытые данные на полезные модели. Некоммерчески.

Ниже выводы, таблица с прогнозом по каждому крупному городу, сам датасет (если вы хотите попробовать с ним что-то сделать). Про то, как работает модель и какая математика и ограничения лежат внутри, расскажет ODS через пару часов. И выложит исходники.

Датасет


Это то, как люди путешествовали по стране за прошлый апрель-2019 (с некоторыми погрешностями). Датасет представляет собой набор векторов от города к городу (первый указанный город — откуда, второй — куда), вид транспорта и число пассажиров, восстановленное до 100%. Датасет представляет собой статистические обезличенные данные, касающиеся групп людей.

Вот визуализация сета. За неё ещё раз спасибо Safronov.

Ограничения данных: автобусы — самая неточная часть датасета. Мы не можем точно знать, сколько людей проехало на автобусах из-за так называемых «серых» перевозчиков, которых мы не поддерживаем на платформе. Но мы постарались восстановить эти данные по известным маршрутам. В авиа и железной дороге данные куда более точные, но не на 100%. Мы не видим перемещения военных, персонала железной дороги, детские вагоны и прочие необычные билеты. Есть ряд перевозок вроде вертолётных маршрутов между городами Дальнего Востока и винтомоторной авиация Якутии. В авиации наше покрытие рынка очень хорошо по всей европейской части России и падает к востоку (во Владивостоке, Новосибирске и Хабаровске данные наиболее точны в восточной части страны). На железнодорожных билетах погрешность довольно мала.

Если человек ехал в поезде Москва – Петербург и вышел в Твери, то он считается за пассажира Москва – Тверь.

Можно получить более точные данные через разных перевозчиков, ведомства и официальную статистику, но это почти невозможно на практике в короткие сроки. Наши данные достаточны для оценки, но просто помните, что они также собраны и восстановлены с некоторой погрешностью.

Забрать его можно вот тут. Через пару часов будет публикация о том, как работает модель и что у неё под капотом, и ODS раскроет исходники. Там будет репозиторий с уже уложенной этим датасетом и другими (вроде поставленной в соответствие карты городов по названиям с координатами и количеством заболевших).

Если что-то сделаете с ним — покажите, пожалуйста, в личку или в мою почту noreply@tutu.ru.

Сценарии


Есть три базовых сценария: «мы ничего не трогаем, всё идёт как обычно» — дальше всё предсказуемо плохо по уровню заражения. Второй сценарий — «мы перекрываем всё авиасообщение и люди стараются сидеть дома, но машины и поезда продолжают ездить». Третий сценарий — закрытие основных транспортных хабов. С учётом свежих изменений, мы посчитали их (в CSV есть выводы), но взяли также выводы четвёртого, где смоделировали сокращение трафика по стране до 10% от обычного.

По той же ссылке CSV сценариев.

Мировое сообщество не первый раз встречается с эпидемиями и не первый раз прогнозирует их развитие с помощью матмоделей. Математика местами сложная, но нейросети нужны. Но моделирование потоков между вершинами графа математически очень близко к самым современным архитектурам нейросетей. Алгоритмы распространения эпидемии давно известны, нужно только задать параметры вроде контагиозности. Которые за нас подсчитали китайцы, итальянцы и остальные, кто столкнулся с проблемой ранее. Прошлый пост с кучей ссылок на исследования, верифицированный врачами, во многом был сбором начальных данных для модели. Тем не менее ещё раз предупреждаю: в модели используются не совсем точные исходные данные, среди разработчиков нет профессиональных эпидемиологов (но мы пользуемся их алгоритмами), модель имеет свои ограничения. Детали по SIR будут в посте ODS. Оценочная точность — до порядка.

Работа модели выглядит так:

  1. Считаем распространение болезни за день.
  2. Считаем, сколько людей переехало в другой город на основе взвешенных векторов перевозок.
  3. Пересчитываем количество инфицированных в городах.
  4. Запускаем следующий такт.

Шум в начале модели вызван тем, что отправная точка — 22 марта 2020, и она не учитывает тех, кто заразился где-то за рубежом до этого и никак себя не проявил до теста в последующие дни. Важно и то, что опорные данные модели — это не фактическое количество больных, а количество протестированных с положительным тестом на COVID-19. То есть переносчиков по факту может быть больше, и цикл заражения сократится. Заражения внутри транспорта пока не учитываются в модели.

Результаты


Показываю два расчётных экстремума — что будет, если ничего не делать (вариант 1) и принять максимум мер, но не включать режим тотального карантина с границами по кварталам (вариант 2).

Всё по той же ссылке CSV выгрузки, в формате таблицы ниже.

Сценарий 1: самый быстрый


Сценарий 1 — самый плохой с точки зрения распространения инфекции, когда сохраняется 100% трафика между городами (сейчас он уже ниже), а люди не стараются самоизолироваться, например, ездят на автобусах и в метро на вот такие ярмарки, но при этом соблюдают рекомендации по мытью рук и стараются соблюдать дистанцию (с переменным успехом). Моделируется полгода, поэтому, например, Москва не будет излечена до состояния «менее тысячи инфицированных одновременно» в рамках периода отработки модели.

Параметры колонок — количество одновременно инфицированных пациентов (выздоровевшие туда не входят). Первый порог начинается с «больше тысячи» (это день, когда в городе число одновременно инфицированных превышает тысячу), дальше 10 и 100 тысяч. Четвёртая колонка — момент, когда субъективно можно переставать прятаться, меньше 1000 одновременно инфицированных.

Город                  >1000        >10.000      >100.000 <1000
Москва                  13      25      38      -
Санкт-Петербург         23      33      45      -
Ижевск                  28      40      57      -
Нижний Новгород         30      41      55      -
Ростов-на-Дону          30      41      56      -
Архангельск             32      44      -       172
Брянск                  32      44      64      174
Воронеж                 33      44      58      -
Ярославль               33      45      61      -
Сыктывкар               34      47      -       171
Пенза                   35      47      64      -
Рязань                  35      46      63      -
Тула                    35      46      64      -
Симферополь (Крым)      36      48      -       178
Белгород                37      49      -       177
Иваново                 37      49      -       -
Краснодар               37      48      63      -
Липецк                  37      48      66      -
Саратов                 37      48      63      -
Смоленск                37      49      -       175
Астрахань               38      49      67      -
Волгоград               38      48      62      -
Казань                  38      48      63      -
Сочи                    38      50      -       -
Ставрополь              38      50      -       -
Тамбов                  38      50      -       171
Владимир                39      50      -       176
Калуга                  39      51      -       174
Елец                    40      54      -       152
Каменск-Шахтинский      40      54      -       149
Псков                   40      52      -       165
Чебоксары               40      52      73      -
Алексин                 41      59      -       140
Новгород Великий        41      53      -       167
Старый Оскол            41      53      -       165
Волгодонск              42      54      -       160
Вологда                 42      53      -       174
Екатеринбург            42      54      71      -
Кострома                42      54      -       170
Курск                   42      53      -       -
Минеральные Воды        42      59      -       148
Орёл                    42      54      -       174
Ржев                    42      60      -       140
Самара                  42      53      69      -
Таганрог                42      54      -       169
Калининград             43      55      -       -
Кольчугино              43      63      -       133
Махачкала               43      55      73      -
Уфа                     43      54      70      -
Шахты                   43      55      -       168
Великие Луки            44      57      -       149
Ливны                   44      62      -       134
Переславль-Залесский    44      68      -       131
Пермь                   44      55      72      -
Узловая                 44      61      -       136
Белая Калитва           45      66      -       132
Йошкар-Ола              45      57      -       171
Моршанск                45      67      -       130
Новочеркасск            45      58      -       161
Рыбинск                 45      57      -       164
Тверь                   45      56      -       -
Тихвин                  45      61      -       138
Вязьма                  46      62      -       136
Касимов                 46      -       -       126
Киржач                  46      -       -       124
Киров                   46      -       -       127
Мурманск                46      58      -       176
Муром                   46      59      -       152
Новосибирск             46      57      75      -
Петрозаводск            46      58      -       174
Скопин                  46      -       -       123
Тюмень                  46      58      80      -
Челябинск               46      58      75      -
Анапа                   47      64      -       143
Богородицк              47      -       -       124
Ейск                    47      61      -       146
Камышин                 47      61      -       156
Кинешма                 47      61      -       146
Красноярск              47      60      81      -
Омск                    47      59      77      -
Оренбург                47      59      81      -
Саранск                 47      59      -       177
Сергиев Посад           47      61      -       151
Сургут                  47      60      -       -
Углич                   47      -       -       126
Ульяновск               47      58      78      -
Ухта                    47      61      -       154
Химки                   47      60      -       169
Балаково                48      61      -       176
Балашов                 48      62      -       145
Владикавказ             48      60      -       -
Гагарин                 48      -       -       123
Данков                  48      -       -       115
Дятьково                48      -       -       122
Ковров                  48      60      -       158
Новошахтинск            48      62      -       152
Обнинск                 48      61      -       150
Пущино                  48      -       -       115
Рассказово              48      67      -       131
Рославль                48      64      -       135
Сафоново                48      66      -       131
Ярцево                  48      65      -       132
Валуйки                 49      -       -       126
Вязники                 49      71      -       129
Губкин                  49      63      -       147
Десногорск              49      -       -       122
Зарайск                 49      -       -       118
Керчь                   49      62      -       159
Лебедянь                49      -       -       115
Людиново                49      -       -       129
Миллерово               49      -       -       127
Мичуринск               49      63      -       149
Можайск                 49      -       -       123
Мценск                  49      69      -       130
Назрань                 49      64      -       149
Нелидово                49      -       -       118
Нижнекамск              49      62      -       -
Нижний Ломов            49      -       -       116
Севастополь             49      61      -       -
Элиста                  49      62      -       151
Волоколамск             50      -       -       117
Егорьевск               50      65      -       142
Кузнецк                 50      65      -       151
Майкоп                  50      63      -       160
Озёры                   50      -       -       119
Петровск                50      -       -       124
Протвино                50      -       -       127
Ряжск                   50      -       -       115
Урюпинск                50      -       -       130
Чайковский              50      64      -       150
Шуя                     50      66      -       137
Ялта                    50      65      -       147
Адлер                   51      64      -       156
Арзамас                 51      65      -       154
Армавир                 51      64      -       170
Борисоглебск            51      66      -       140
Владивосток             51      64      94      -
Кисловодск              51      65      -       160
Коломна                 51      65      -       163
Набережные Челны        51      64      -       -
Остров                  51      -       -       115
Павловск                51      -       -       118
Пикалёво                51      -       -       115
Пятигорск               51      64      -       165
Россошь                 51      67      -       140
Ростов Великий          51      -       -       122
Сальск                  51      67      -       140
Серпухов                51      65      -       160
Старая Русса            51      -       -       123
Тольятти                51      63      84      -
Феодосия                51      66      -       143
Хабаровск               51      64      92      -
Юрьев-Польский          51      -       -       113
Алексеевка              52      -       -       128
Ахтубинск               52      -       -       134
Бокситогорск            52      -       -       109
Будённовск              52      68      -       142
Гуково                  52      69      -       143
Кашин                   52      -       -       111
Красный Сулин           52      -       -       130
Лодейное Поле           52      -       -       114
Михайловка              52      69      -       140
Морозовск               52      -       -       120
Новороссийск            52      65      -       177
Новый Уренгой           52      67      -       164
Осташков                52      -       -       115
Руза                    52      -       -       105
Сарапул                 52      66      -       155
Ступино                 52      69      -       143
Томск                   52      65      -       -
Богучар                 53      -       -       102
Вичуга                  53      -       -       127
Вольск                  53      69      -       143
Выкса                   53      71      -       139
Грозный                 53      67      -       -
Грязи                   53      73      -       133
Иркутск                 53      66      -       -
Канаш                   53      74      -       135
Козельск                53      -       -       111
Лабинск                 53      70      -       142
Нальчик                 53      66      -       178
Невинномысск            53      66      -       157
Новомичуринск           53      -       -       112
Орехово-Зуево           53      67      -       161
Барнаул                 54      68      102     -
Ельня                   54      -       -       98
Жирновск                54      -       -       110
Зверево                 54      -       -       116
Кашира                  54      -       -       131
Клинцы                  54      72      -       143
Конаково                54      -       -       132
Кропоткин               54      69      -       149
Микунь                  54      -       -       99
Михайлов                54      -       -       102
Обоянь                  54      -       -       104
Семикаракорск           54      -       -       118
Сердобск                54      -       -       127
Суровикино              54      -       -       114
Сясьстрой               54      -       -       104
Белореченск             55      74      -       141
Валдай                  55      -       -       108
Воткинск                55      71      -       161
Дзержинск               55      70      -       -
Железногорск            55      72      -       155
Калач-на-Дону           55      -       -       121
Кингисепп               55      74      -       135
Котово                  55      -       -       119
Луга                    55      -       -       127
Можга                   55      77      -       140
Невель                  55      -       -       108
Нижневартовск           55      68      -       -
Опочка                  55      -       -       101
Орск                    55      70      -       -
Таруса                  55      -       -       97
Чаплыгин                55      -       -       102
Череповец               55      68      -       -
Южа                     55      -       -       106
Апатиты                 56      74      -       143
Благовещенск            56      -       -       143
Волжский                56      69      -       -
Выборг                  56      72      -       152
Геленджик               56      74      -       140
Глазов                  56      73      -       161
Ессентуки               56      71      -       158
Жердевка                56      -       -       107
Западная Двина          56      -       -       98
Ивангород               56      -       -       97
Ипатово                 56      -       -       121
Калязин                 56      -       -       106
Курган                  56      70      -       -
Магадан                 56      73      -       164
Павлово                 56      73      -       142
Порхов                  56      -       -       99
Суздаль                 56      -       -       100
Сухиничи                56      -       -       109
Уварово                 56      -       -       122
Усинск                  56      -       -       137
Александров             57      75      -       145
Белинский               57      -       -       94
Зеленокумск             57      -       -       133
Кемерово                57      72      -       -
Кириши                  57      76      -       143
Луховицы                57      -       -       126
Нефтекумск              57      -       -       124
Новоаннинский           57      -       -       112
Острогожск              57      -       -       130
Салехард                57      -       -       142
Светлоград              57      -       -       132
Сортавала               57      -       -       114
Сосенский               57      -       -       102
Сызрань                 57      72      -       -
Темников                57      -       -       90
Ханты-Мансийск          57      75      -       166
Чудово                  57      -       -       108
Благодарный             58      -       -       129
Велиж                   58      -       -       91
Вышний Волочёк          58      78      -       141
Калининск               58      -       -       110
Кимры                   58      77      -       139
Магнитогорск            58      74      -       -
Медынь                  58      -       -       93
Навашино                58      -       -       111
Надым                   58      -       -       143
Новохопёрск             58      -       -       88
Ноябрьск                58      74      -       168
Рузаевка                58      -       -       142
Спасск                  58      -       -       90
Туапсе                  58      75      -       146
Улан-Удэ                58      74      -       -
Южно-Сахалинск          58      74      -       -
Юхнов                   58      -       -       90
Якутск                  58      73      -       -
Бежецк                  59      -       -       123
Бобров                  59      -       -       116
Гаврилов Посад          59      -       -       87
Городовиковск           59      -       -       97
Гусь-Хрустальный        59      78      -       148
Евпатория               59      75      -       167
Задонск                 59      -       -       97
Зубцов                  59      -       -       90
Кирсанов                59      -       -       111
Новозыбков              59      -       -       139
Олонец                  59      -       -       96
Петропавловск-Камчатский59      76      -       -
Сольцы                  59      -       -       98
Харабали                59      -       -       114
Шацк                    59      -       -       88
Бологое                 60      -       -       123
Вытегра                 60      -       -       100
Гороховец               60      -       -       107
Дорогобуж               60      -       -       100
Звенигород              60      -       -       112
Изобильный              60      -       -       139
Котлас                  60      81      -       151
Краснослободск          60      -       -       111
Льгов                   60      -       -       120
Новоалександровск       60      -       -       125
Новокузнецк             60      74      -       -
Окуловка                60      -       -       104
Пролетарск              60      -       -       118
Саров                   60      77      -       163
Сасово                  60      -       -       127
Спас-Клепики            60      -       -       85
Торжок                  60      -       -       140
Унеча                   60      -       -       125
Устюжна                 60      -       -       97
Балабаново              61      -       -       127
Бутурлиновка            61      -       -       125
Верея                   61      -       -       82
Каменка                 61      -       -       138
Лазаревское             61      78      -       164
Новочебоксарск          61      79      -       179
Печоры                  61      -       -       103
Себеж                   61      -       -       87
Сергач                  61      -       -       121
Сланцы                  61      -       -       134
Азов                    62      82      -       167
Аксай                   62      -       -       143
Весьегонск              62      -       -       93
Воскресенск             62      83      -       173
Вятские Поляны          62      -       -       138
Демидов                 62      -       -       91
Димитровград            62      79      -       175
Дно                     62      -       -       96
Донской                 62      85      -       160
Жиздра                  62      -       -       84
Инсар                   62      -       -       96
Ковылкино               62      -       -       123
Кулебаки                62      -       -       139
Лысково                 62      -       -       122
Нижний Тагил            62      77      -       -
Питкяранта              62      -       -       103
Поворино                62      -       -       116
Серафимович             62      -       -       99
Судогда                 62      -       -       104
Тутаев                  62      -       -       142
Цимлянск                62      -       -       111
Чита                    62      80      -       -
Шумерля                 62      -       -       135
Абакан                  63      81      -       -
Алатырь                 63      -       -       142
Бузулук                 63      85      -       171
Знаменск                63      -       -       133
Кизляр                  63      -       -       148
Короча                  63      -       -       85
Лиски                   63      89      -       155
Малоярославец           63      -       -       135
Ртищево                 63      -       -       144
Суджа                   63      -       -       86
Тихорецк                63      86      -       158
Торопец                 63      -       -       108
Березники               64      79      -       -
Вельск                  64      -       -       127
Дербент                 64      85      -       -
Нефтекамск              64      85      -       -
Норильск                64      83      -       -
Родники                 64      -       -       132
Славянск-на-Кубани      64      88      -       160
Тобольск                64      81      -       172
Щигры                   64      -       -       118
Агрыз                   65      -       -       129
Братск                  65      81      -       -
Волгореченск            65      -       -       117
Дмитров                 65      91      -       164
Донецк                  65      -       -       154
Кореновск               65      -       -       147
Коряжма                 65      -       -       149
Кубинка                 65      -       -       129
Лакинск                 65      -       -       117
Миасс                   65      82      -       -
Мирный                  65      -       -       150
Нарьян-Мар              65      -       -       125
Петушки                 65      -       -       116
Покров                  65      -       -       120
Псебай                  65      -       -       105
Пустошка                65      -       -       78
Пучеж                   65      -       -       97
Сандово                 65      -       -       92
Севск                   65      -       -       93
Староминская            65      -       -       146
Стерлитамак             65      82      -       -
Темрюк                  65      -       -       146
Фурманов                65      -       -       144
Бугульма                66      88      -       176
Воркута                 66      91      -       170
Гдов                    66      -       -       76
Зеленодольск            66      89      -       -
Златоуст                66      82      -       -
Малая Вишера            66      -       -       110
Медвежьегорск           66      -       -       115
Рудня                   66      -       -       102
Старица                 66      -       -       101
Удомля                  66      -       -       134
Фатеж                   66      -       -       84
Алушта                  67      -       -       136
Альметьевск             67      85      -       -
Горячий Ключ            67      -       -       137
Духовщина               67      -       -       76
Инза                    67      -       -       125
Каменногорск            67      -       -       92
Крымск                  67      -       -       163
Кызыл                   67      88      -       -
Мантурово               67      -       -       119
Моздок                  67      -       -       144
Мосальск                67      -       -       75
Няндома                 67      -       -       131
Почеп                   67      -       -       125
Прохладный              67      96      -       162
Талдом                  67      -       -       116
Тимашёвск               67      -       -       160
Анадырь                 68      -       -       115
Волжск                  68      -       -       167
Вуктыл                  68      -       -       110
Георгиевск              68      93      -       172
Губаха                  68      -       -       142
Клин                    68      95      -       -
Костомукша              68      -       -       135
Кувшиново               68      -       -       107
Никольск                68      -       -       100
Павловский Посад        68      100     -       173
Печора                  68      -       -       152
Усть-Лабинск            68      -       -       157
Шадринск                68      88      -       169
Шатура                  68      -       -       145
Янаул                   68      -       -       139
Алапаевск               69      -       -       152
Бежаницы                69      -       -       73
Дагомыс                 69      97      -       179
Ершов                   69      -       -       129
Кириллов                69      -       -       97
Когалым                 69      -       -       161
Краснотурьинск          69      96      -       164
Курганинск              69      -       -       162
Курчатов                69      -       -       159
Нерюнгри                69      -       -       174
Новый Оскол             69      -       -       128
Реж                     69      -       -       153
Рыбное                  69      -       -       127
Серов                   69      90      -       -
Фролово                 69      -       -       153
Хоста                   69      95      -       -
Цивильск                69      -       -       117
Бийск                   70      87      -       -
Волхов                  70      -       -       159
Данилов                 70      -       -       122
Качканар                70      -       -       156
Красный Холм            70      -       -       89
Макарьев                70      -       -       95
Маркс                   70      -       -       144
Мегион                  70      -       -       156
Невьянск                70      -       -       141
Нижняя Тура             70      -       -       139
Новосокольники          70      -       -       100
Починок                 70      -       -       103
Снежинск                70      -       -       160
Суоярви                 70      -       -       105
Сычёвка                 70      -       -       100
Шарья                   70      -       -       136
Ачинск                  71      92      -       -
Домодедово              71      98      -       -
Кандалакша              71      -       -       153
Краснокамск             71      -       -       171
Кстово                  71      -       -       178
Лахденпохья             71      -       -       100
Лоо                     71      -       -       101
Максатиха               71      -       -       99
Оленегорск              71      -       -       137
Соликамск               71      93      -       -
Туймазы                 71      105     -       177
Железнодорожный         72      100     -       -
Каменск-Уральский       72      93      -       -
Канск                   72      94      -       -
Новокуйбышевск          72      99      -       -
Новопавловск            72      -       -       144
Нурлат                  72      -       -       148
Рошаль                  72      -       -       138
Сегежа                  72      -       -       148
Сысерть                 72      -       -       136
Тавда                   72      -       -       150
Тейково                 72      -       -       156
Аткарск                 73      -       -       144
Бабаево                 73      -       -       116
Барыш                   73      -       -       131
Емва                    73      -       -       124
Зеленогорск (ЗАТО)      73      105     -       175
Калач                   73      -       -       136
Кировград               73      -       -       138
Котельнич               73      -       -       145
Лихославль              73      -       -       115
Нариманов               73      -       -       115
Наро-Фоминск            73      -       -       -
Нерехта                 73      -       -       141
Очёр                    73      -       -       127
Палласовка              73      -       -       126
Приволжск               73      -       -       130
Пыть-Ях                 73      -       -       155
Саки                    73      -       -       140
Салават                 73      96      -       -
Сатка                   73      -       -       159
Чистополь               73      -       -       175
Чусовой                 73      -       -       161
Шахунья                 73      -       -       138
Андреаполь              74      -       -       104
Буй                     74      -       -       148
Верхний Тагил           74      -       -       122
Гаврилов-Ям             74      -       -       131
Дегтярск                74      -       -       129
Ирбит                   74      -       -       155
Лабытнанги              74      -       -       149
Павловская              74      -       -       -
Североуральск           74      -       -       148
Удачный                 74      -       -       123
Хвалынск                74      -       -       120
Кондрово                75      -       -       131
Онега                   75      -       -       143
Сокол                   75      -       -       164
Сухой Лог               75      -       -       155
Тотьма                  75      -       -       111
Усть-Кут                75      -       -       174
Чебаркуль               75      -       -       162
Энгельс                 75      101     -       -
Юрьевец                 75      -       -       113
Аша                     76      -       -       152
Баксан                  76      -       -       160
Белоярский              76      -       -       138
Болгар                  76      -       -       107
Дубна                   76      -       -       -
Иловля                  76      -       -       119
Карпинск                76      -       -       151
Кыштым                  76      -       -       158
Лаишево                 76      -       -       104
Нефтеюганск             76      100     -       -
Новоуральск             76      106     -       -
Северодвинск            76      108     -       -
Советский               76      -       -       149
Солнечногорск           76      -       -       -
Чернушка                76      -       -       153
Бавлы                   77      -       -       142
Гатчина                 77      117     -       -
Козьмодемьянск          77      -       -       146
Красноуфимск            77      -       -       -
Кумертау                77      -       -       -
Лесной                  77      -       -       175
Минусинск               77      -       -       -
Назарово                77      -       -       173
Октябрьский             77      110     -       -
Первомайск              77      -       -       131
Саяногорск              77      -       -       172
Стародуб                77      -       -       141
Струнино                77      -       -       131
Тулун                   77      -       -       174
Усмань                  77      -       -       141
Хадыженск               77      -       -       144
Ардатов                 78      -       -       115
Болхов                  78      -       -       122
Бронницы                78      -       -       146
Верхняя Салда           78      -       -       168
Галич                   78      -       -       138
Голицыно                78      -       -       139
Горнозаводск            78      -       -       123
Ишим                    78      -       -       -
Касли                   78      -       -       134
Красноармейск           78      -       -       153
Меленки                 78      -       -       131
Нягань                  78      -       -       178
Сураж                   78      -       -       123
Талица                  78      -       -       136
Щучье                   78      -       -       121
Абинск                  79      -       -       169
Горно-Алтайск           79      -       -       -
Губкинский              79      -       -       142
Далматово               79      -       -       128
Дальнегорск             79      -       -       164
Карталы                 79      -       -       152
Катайск                 79      -       -       132
Куса                    79      -       -       139
Мглин                   79      -       -       109
Николаевск              79      -       -       132
Первоуральск            79      108     -       -
Сосногорск              79      -       -       158
Уржум                   79      -       -       119
Учалы                   79      -       -       162
Александровск           80      -       -       130
Артёмовский             80      -       -       161
Балашиха                80      117     -       -
Белово                  80      -       -       -
Боготол                 80      -       -       147
Инта                    80      -       -       167
Камешково               80      -       -       128
Камышлов                80      -       -       153
Котельниково            80      -       -       148
Красноуральск           80      -       -       151
Лысьва                  80      -       -       -
Сорочинск               80      -       -       160
Троицк                  80      -       -       -
Туринск                 80      -       -       139
Чапаевск                80      -       -       -
Юрга                    80      116     -       -
Абдулино                81      -       -       145
Заозёрный               81      -       -       126
Катав-Ивановск          81      -       -       138
Кунгур                  81      -       -       -
Оса                     81      -       -       146
Радужный                81      -       -       137
Рубцовск                81      108     -       -
Черноморское            81      -       -       125
Южно-Сухокумск          81      -       -       121
Южноуральск             81      -       -       167
Аркадак                 82      -       -       132
Батайск                 82      130     -       -
Белокуриха              82      -       -       140
Беслан                  82      -       -       176
Верхний Уфалей          82      -       -       159
Верхняя Тура            82      -       -       119
Железноводск            82      -       -       159
Кизилюрт                82      -       -       176
Лениногорск             82      -       -       -
Урень                   82      -       -       129
Боровичи                83      -       -       -
Бугуруслан              83      -       -       -
Дюртюли                 83      -       -       170
Лесосибирск             83      -       -       -
Мамадыш                 83      -       -       134
Новотроицк              83      -       -       -
Саянск                  83      -       -       177
Судак                   83      -       -       140
Хотьково                83      -       -       156
Шумиха                  83      -       -       140
Бородино                84      -       -       143
Дивногорск              84      -       -       161
Кемь                    84      -       -       131
Комсомольск             84      -       -       116
Кувандык                84      -       -       166
Любим                   84      -       -       95
Хасавюрт                84      132     -       -
Большой Камень (ЗАТО)   85      -       -       174
Колпино                 85      135     -       -
Комсомольск-на-Амуре    85      117     -       -
Новомихайловский        85      -       -       127
Пласт                   85      -       -       141
Тайшет                  85      -       -       172
Харовск                 85      -       -       122
Анжеро-Судженск         86      -       -       -
Карабаш                 86      -       -       134
Кондопога               86      -       -       179
Лангепас                86      -       -       -
Нижние Серги            86      -       -       128
Полярные Зори           86      -       -       142
Тында                   86      -       -       178
Шушенское               86      -       -       145
Ангарск                 87      117     -       -
Жигулёвск               87      -       -       -
Ивдель                  87      -       -       147
Кодинск                 87      -       -       140
Мелеуз                  87      -       -       -
Пыталово                87      -       -       99
Сим                     87      -       -       137
Уссурийск               87      126     -       -
Шарыпово                87      -       -       176
Асбест                  88      -       -       -
Беломорск               88      -       -       129
Дмитриев-Льговский      88      -       -       114
Заволжск                88      -       -       133
Лукоянов                88      -       -       144
Майский                 88      -       -       174
Михайловск              88      -       -       122
Находка                 88      131     -       -
Новая Ляля              88      -       -       133
Новоузенск              88      -       -       149
Пестово                 88      -       -       148
Подпорожье              88      -       -       156
Тара                    88      -       -       163
Ужур                    88      -       -       144
Югорск                  88      -       -       179
Белозерск               89      -       -       124
Кугеси                  89      -       -       137
Ленинск-Кузнецкий       89      -       -       -
Богданович              90      -       -       179
Гудермес                90      -       -       -
Енисейск                90      -       -       153
Кавалерово              90      -       -       140
Подольск                90      148     -       -
Славгород               90      -       -       174
Стрежевой               90      -       -       -
Усть-Катав              90      -       -       161
Барабинск               91      -       -       175
Белогорск               91      -       -       -
Верещагино              91      -       -       170
Верхнеуральск           91      -       -       124
Дубовка                 91      -       -       145
Заводоуковск            91      -       -       170
Усолье-Сибирское        91      -       -       -
Яранск                  91      -       -       154
Азнакаево               92      -       -       -
Елабуга                 92      -       -       -
Красный Кут             92      -       -       148
Куртамыш                92      -       -       149
Кушва                   92      -       -       178
Менделеевск             92      -       -       168
Нея                     92      -       -       129
Нижнеудинск             92      -       -       -
Петров Вал              92      -       -       140
Тюкалинск               92      -       -       134
Мензелинск              93      -       -       153
Мотыгино                93      -       -       104
Пушкино                 93      -       -       -
Сибай                   93      -       -       -
Уяр                     93      -       -       139
Гулькевичи              94      -       -       -
Нязепетровск            94      -       -       138
Прокопьевск             94      143     -       -
Абаза                   95      -       -       155
Заречный                95      -       -       -
Иланский                95      -       -       152
Кораблино               95      -       -       145
Крутинка                95      -       -       112
Мариинск                95      -       -       -
Пудож                   95      -       -       129
Ревда                   95      -       -       -
Сковородино             95      -       -       129
Чехов                   95      -       -       -
Арсеньев                96      -       -       -
Бодайбо                 96      -       -       150
Дальнереченск           96      -       -       178
Черногорск              96      -       -       -
Кизел                   97      -       -       168
Коркино                 97      -       -       -
Приобье                 97      -       -       115
Тосно                   97      -       -       -
Асино                   98      -       -       179
Краснокаменск           98      -       -       -
Междуреченск            98      -       -       -
Ожерелье                98      -       -       137
Тайга                   98      -       -       172
Трёхгорный              98      -       -       -
Грязовец                99      -       -       159
Еманжелинск             99      -       -       -
Ленск                   99      -       -       174
Покачи                  99      -       -       158
Алзамай                 100     -       -       113
Ишимбай                 100     -       -       -
Медногорск              100     -       -       -
Николаевск-на-Амуре     100     -       -       175
Юрюзань                 100     -       -       144
Лесозаводск             101     -       -       -
Красновишерск           102     -       -       162
Отрадный                102     -       -       -
Перевоз                 102     -       -       132
Горняк                  103     -       -       147
Искитим                 103     -       -       -
Колпашево               103     -       -       -
Свободный               103     -       -       -
Фокино (ЗАТО)           103     -       -       -
Кудымкар                104     -       -       -
Новоалтайск             104     -       -       -
Берёзово                105     -       -       112
Добрянка                105     -       -       -
Зима                    105     -       -       -
Ноглики                 105     -       -       135
Татарск                 105     -       -       -
Гурьевск                106     -       -       147
Нытва                   106     -       -       174
Алейск                  107     -       -       -
Полевской               107     -       -       -
Северобайкальск         107     -       -       -
Биробиджан              109     -       -       -
Советская Гавань        109     -       -       -
Ялуторовск              109     -       -       -
Змеиногорск             110     -       -       140
Оха                     110     -       -       -
Арамиль                 111     -       -       160
Камень-на-Оби           111     -       -       -
Пугачёв                 112     -       -       -
Яровое                  114     -       -       172
Исилькуль               115     -       -       -
Волчанск                117     -       -       137
Славянка                117     -       -       -
Похвистнево             121     -       -       -
Партизанск              122     -       -       -
Семёнов                 122     -       -       -
Спасск-Дальний          123     -       -       -
Усть-Илимск             123     -       -       -
Камбарка                124     -       -       144
Урай                    125     -       -       -
Петровск-Забайкальский  131     -       -       -
Белорецк                133     -       -       -
Киселёвск               133     -       -       -
Бердск                  134     -       -       -
Балей                   135     -       -       155
Бикин                   136     -       -       -
Железногорск-Илимский   141     -       -       -
Вихоревка               156     -       -       -
Шимановск               163     -       -       -
Бор                     168     -       -       -
Борзя                   172     -       -       -
Шахтерск                173     -       -       -

В модели также есть Алдан, Аргун, Арск, Артышта, Артём, Артёмовск, Аян, Бабушкин, Багдарин, Байкальск, Байкит, Батагай, Белая Гора, Белый, Берёзовый, Богородское, Болотное, Буинск, Ванавара, Ванино, Великий Устюг, Верхневилюйск, Верхотурье, Вилюйск, Вяземский, Гремячинск, Гусиноозёрск, Давлеканово, Депутатский, Диксон, Долинск, Ербогачён, Жиганск, Жуковка, Забайкальск, Завитинск, Заинск, Залахтовье, Заринск, Злынка, Зуевка, Зырянка, Игарка, Игрим, Избербаш, Изборск, Известковый, Казачинское, Калачинск, Калевала, Карагайский, Карасук, Карачев, Каргасок, Каргат, Кепервеем, Кинель, Киренск, Кола, Кослан, Красный Чикой, Купино, Курильск, Ленинск, Лобня, Луза, Любань, Макаров, Макушино, Малоархангельск, Мама, Манжерок, Мещовск, Миньяр, Могоча, Мураши, Мыски, Мытищи, Называевск, Нарткала, Нижнеангарск, Новоабзаково, Новоржев, Новосиль, Нюрба, Облучье, Обь, Озеро-Карачинское, Озёрск, Оленёк, Олёкминск, Омолон, Омсукчан, Охотск, Павелец, Певек, Пено, Петухово, Плёс, Поронайск, Пржевальское, Пряжа, Саккырыр, Салми, Саскылах, Светлогорск (Красноярск.), Северо-Енисейский, Сеймчан, Симеиз, Синяя Осока, Слюдянка, Соль-Илецк, Сонково, Сорск, Сосновка, Спас-Деменск, Среднеколымск, Сретенск, Сунтар, Сусуман, Таксимо, Талакан, Терек, Тикси, Тогучин, Толька, Томмот, Топки, Тура, Туран, Туруханск, Усть-Качка, Усть-Кокса, Усть-Куйга, Усть-Нера, Усть-Цильма, Хандыга, Хатанга, Хилок, Холм, Хонуу, Хотынец, Чара, Чемал, Черемхово, Черепаново, Чернолучье, Черский, Чокурдах, Чулым, Чумикан, Чёрмоз, Шилка, Эвенск, Южно-Курильск — эти города либо заражаются позднее моделируемого периода, либо не набирают 1000 инфицированных.

Сценарий 2


Самый «изолированный» сценарий. В нём остаются только 10% от трафика перевозок, то есть попадать из одной точки в другую становится куда тяжелее, но возможно. Это не полный карантин, а существенное снижение связности. Люди внутри городов не ходят на ярмарки и стараются самоизолироваться, но делают это не идеально, а в меру своего понимания. Моделируется период в 180 дней (соответственно, Барнаул, набравший тысячу больных на 174-й день модели не успеет набрать меньше тысячи больных в процессе «придавливания» эпидемии). Города, которых нет в таблице, не набирают больше 1000 больных или не заражаются.
Город                 >1000        >10.000      >100.000 <1000
Москва                  18      33      51      -
Ижевск                  40      60      -       -
Киров                   42      -       -       158
Нижний Новгород         45      66      -       -
Архангельск             46      68      -       -
Брянск                  46      67      -       -
Санкт-Петербург         46      62      88      -
Ростов-на-Дону          56      76      -       -
Сыктывкар               61      91      -       -
Воронеж                 62      86      -       -
Ярославль               63      88      -       -
Переславль-Залесский    65      -       -       172
Рязань                  65      91      -       -
Пенза                   66      94      -       -
Тула                    66      93      -       -
Симферополь (Крым)      68      99      -       -
Алексин                 69      -       -       -
Калуга                  69      108     -       -
Киржач                  69      -       -       160
Белгород                70      103     -       -
Казань                  70      103     -       -
Липецк                  70      104     -       -
Иваново                 71      105     -       -
Краснодар               71      104     -       -
Саратов                 71      105     -       -
Астрахань               72      109     -       -
Каменск-Шахтинский      72      -       -       -
Смоленск                72      110     -       -
Сочи                    72      109     -       -
Тамбов                  72      112     -       -
Волгоград               73      108     -       -
Елец                    73      -       -       -
Ставрополь              74      113     -       -
Владимир                75      118     -       -
Ржев                    75      -       -       -
Кольчугино              77      -       -       -
Минеральные Воды        77      -       -       -
Чебоксары               77      128     -       -
Старый Оскол            78      -       -       -
Волгодонск              80      -       -       -
Курск                   81      -       -       -
Таганрог                81      -       -       -
Узловая                 81      -       -       -
Ливны                   82      -       -       -
Моршанск                82      -       -       -
Орёл                    82      -       -       -
Екатеринбург            83      166     -       -
Скопин                  83      -       -       168
Вологда                 84      -       -       -
Касимов                 84      -       -       173
Кострома                84      -       -       -
Пущино                  84      -       -       149
Самара                  84      178     -       -
Белая Калитва           85      -       -       -
Нелидово                85      -       -       157
Псков                   85      -       -       -
Уфа                     85      -       -       -
Великие Луки            86      -       -       -
Махачкала               86      -       -       -
Шахты                   86      -       -       -
Калининград             87      -       -       -
Богородицк              88      -       -       175
Пермь                   89      -       -       -
Данков                  90      -       -       155
Йошкар-Ола              90      -       -       -
Вязьма                  91      -       -       -
Новочеркасск            91      -       -       -
Кашин                   92      -       -       141
Рыбинск                 92      -       -       -
Таруса                  92      -       -       117
Углич                   92      -       -       -
Нижний Ломов            93      -       -       160
Дятьково                94      -       -       175
Михайлов                94      -       -       126
Муром                   94      -       -       -
Новгород Великий        94      -       -       -
Новосибирск             94      -       -       -
Осташков                94      -       -       147
Тюмень                  94      -       -       -
Лебедянь                95      -       -       157
Мурманск                96      -       -       -
Саранск                 96      -       -       -
Челябинск               96      -       -       -
Анапа                   97      -       -       -
Кинешма                 97      -       -       -
Ульяновск               97      -       -       -
Валуйки                 98      -       -       -
Гагарин                 98      -       -       -
Десногорск              98      -       -       178
Ейск                    98      -       -       -
Балашов                 99      -       -       -
Зарайск                 99      -       -       167
Камышин                 99      -       -       -
Красноярск              99      -       -       -
Можайск                 99      -       -       -
Обнинск                 99      -       -       -
Омск                    99      -       -       -
Рославль                99      -       -       -
Руза                    99      -       -       135
Химки                   99      -       -       -
Оренбург                100     -       -       -
Рассказово              100     -       -       -
Сафоново                100     -       -       -
Сургут                  100     -       -       -
Балаково                101     -       -       -
Людиново                101     -       -       -
Озёры                   102     -       -       171
Ухта                    102     -       -       -
Владикавказ             103     -       -       -
Ряжск                   103     -       -       161
Ярцево                  103     -       -       -
Богучар                 104     -       -       128
Вязники                 104     -       -       -
Губкин                  104     -       -       -
Ковров                  104     -       -       -
Миллерово               104     -       -       -
Тихвин                  104     -       -       -
Волоколамск             105     -       -       165
Мценск                  105     -       -       -
Сергиев Посад           105     -       -       -
Элиста                  105     -       -       -
Юрьев-Польский          105     -       -       154
Новошахтинск            107     -       -       -
Петровск                107     -       -       -
Шуя                     107     -       -       -
Мичуринск               108     -       -       -
Тверь                   108     -       -       -
Назрань                 109     -       -       -
Протвино                110     -       -       -
Егорьевск               111     -       -       -
Керчь                   111     -       -       -
Урюпинск                111     -       -       -
Нижнекамск              112     -       -       -
Кузнецк                 113     -       -       -
Павловск                113     -       -       169
Петрозаводск            114     -       -       -
Ростов Великий          114     -       -       -
Майкоп                  116     -       -       -
Россошь                 117     -       -       -
Борисоглебск            118     -       -       -
Коломна                 118     -       -       -
Хабаровск               118     -       -       -
Владивосток             119     -       -       -
Серпухов                119     -       -       -
Морозовск               120     -       -       174
Арзамас                 122     -       -       -
Чайковский              124     -       -       -
Армавир                 125     -       -       -
Михайловка              126     -       -       -
Томск                   126     -       -       -
Красный Сулин           127     -       -       -
Ялта                    127     -       -       -
Алексеевка              128     -       -       -
Ахтубинск               128     -       -       -
Севастополь             128     -       -       -
Феодосия                129     -       -       -
Кисловодск              130     -       -       -
Гуково                  131     -       -       -
Ступино                 131     -       -       -
Будённовск              133     -       -       -
Новый Уренгой           133     -       -       -
Иркутск                 135     -       -       -
Пятигорск               135     -       -       -
Орехово-Зуево           137     -       -       -
Выкса                   141     -       -       -
Сальск                  141     -       -       -
Вольск                  145     -       -       -
Тольятти                148     -       -       -
Грязи                   150     -       -       -
Канаш                   151     -       -       -
Грозный                 157     -       -       -
Конаково                161     -       -       176
Адлер                   164     -       -       -
Сарапул                 164     -       -       -
Набережные Челны        173     -       -       -
Барнаул                 174     -       -       -

Я ещё раз напомню, что это моделирование распространения инфекции между городами, а не учёт смертности и остального. Вы можете помочь ODS, написав в личку mephistopheies.

Ещё важное: центр в Сколтехе решил выделить вычислительное время на суперкомпьютере Zhores для моделирования задач, так или иначе связанных со сдерживанием эпидемии. У них есть CPU-ноды (небольшая часть, но есть) и GPU-ноды (в нодах стоят по 4 Tesla P100). Если у вас есть распараллеленный под MPI CPU код или необходимость посчитать модели в параллельном режиме на GPU — подходит. Можно приносить любые задачи, которые как-нибудь связаны с борьбой с эпидемией, например по молекулярному моделированию, моделированию транспортных потоков и т.п. Контакты: sergey.sosnin@skoltech.ru или можно подать заявку напрямую.

Что это значит?


Российская логистика — одна из самых сложных в мире. У нас очень много изолированных городов, население значительно раскидано по планете, огромные пустые территории. Из плотносвязанного на западе граф превращается в слабосвязанный на востоке.

Это может означать, что можно отрезать существенные части графа от основных очагов (но, похоже, уже поздно из-за возвращавшихся в разные крупные города из-за границы).

Модели без учёта такого распространения очень сильно ограничены отсутствием нужных данных.

Сейчас фактор неравномерности населения означает, что можно резко переменить ход развития эпидемии, перекрывая транспортное сообщение.

Главный коммерческий вывод — возможно, локдаун сейчас дешевле, чем последствия дальше.

Я приглашаю вас не верить мне на слово, а расколупать модель, поковыряться в CSV и коде, докрутить и улучшить результат, который предоставило ODS. Собственно, сейчас сообщество работает над уточнениями модели.

И особо отмечу, что тот факт, что сообщество взялось за проект, сделало его и открывает результат — это огромный прецедент в пользу того, что сами данные нужно открывать. Потому что иногда они крайне полезны, даже если у вас нет времени или возможности с ними что-то сделать.

Ссылки в одном месте, большой пост с кучей ссылок на разные исследования, mephistopheies — ваш вход в ODS, если вы хотите помочь.

Let's block ads! (Why?)

Комментариев нет:

Отправить комментарий